Program S3 Teologi ini akan berjalan pada tahun ajaran 2012/2013 dan telah mendapat izin penyelenggaraan dari Ditjen Bimas Kristen Kemenag RI. Tujuannya adalah menghasilkan tenaga doktoral yang ahli, memiliki nilai akademisi dalam berpikir dan bertindak, serta memiliki kemampuan transformatif dalam gereja dan masyarakat yang dilayaninya. Gelar yang diberikan adalah Doktor Theologi (Dr). Program Doktor STFT Jaffray mulai tahun 2016 sudah terakreditasi BAN PT No. 1903/SK/BAN-PT/Akred/D/III/2022 dengan Nilai Baik Sekali.

Visi Program Studi
Memenuhi kebutuhan Gereja akan pemimpin masa depan yang ahli dalam bidangnya, profesional, handal dan dapat dipercaya dalam menghadapi berbagai tantangan pelayanan, serta mampu memperlengkapi pemimpin dalam upaya pengembangan gereja dan peningkatan kualitas masyarakat.

Misi Program Studi
Memperlengkapi para pemimpin masa depan dalam keseimbangan antara spiritual, akademik dan melengkapi dengan berbagai keterampilan yang relevan sesuai dengan perkembangan zaman serta kebutuhan gereja masa kini, sehingga menjadi pemimpin yang dewasa secara spiritual, berkualitas secara akademik dan terampil dalam pelayanan pengembangan jemaat.

Karakteristik
Program Doktor Teologi di Sekolah Tinggi Theologia Jaffray dirancang untuk memperlengkapi para mahasiswa dengan kompetensi level tertinggi secara akademik dalam penelitian dan penulisan sesuai dengan bidang keilmuan; dan secara praktika melengkapi mereka dengan berbagai keterampilan yang dibutuhkan dalam pengembangan gereja.

Tujuan
Program Doktor Teologi diperuntukkan bagi mahasiswa yang telah menyelesaikan pendidikan teologi tingkat magister (M.Th). Program ini mempersiapkan para mahasiswa untuk menjadi seorang ahli dalam bidangnya dan profesional dalam pelayanan.