Program S2 STFT Jaffray mendapatkan izin penyelenggaraan dari Ditjen Bimas Kristen Kemenag Ri dengan Prodi sebagai berikut:

1. Prodi Teologi
   Program studi ini diselenggarakan untuk menjadikan pemimpin yang ahli dalam bidangpengembalaan dan misi. Diharapkan pemimpin yang dihasilkan adalah ahli pada bidangnya, memunyai daya inovatif dan kreativitas serta memiliki daya saing dalam kepemimpinannya. Gelar yang diberikan adalah MA (Th). dan M.Th.
2. Prodi Teologi dengan Konsentrasi Konseling Kristen
   Prodi dengan konsentrasi konseling Kristen diadakan untuk menghasilkan konselor Kristen yang ahli dan terampil baik dalam pelayanan gereja maupun lembaga-lembaga di luar gereja. Gelar yang diberikan adalah MA Kons. Konseling dan M.Th. Kons. Konseling.
3. Prodi Teologi Konsentrasi Pendidikan Agama Kristen
   Tujuan Prodi ini adalah menghasilkan guru-guru agama dan pembina PWJ gereja yang ahli dan terampil pada bidang pendidikan di sekolah dan pembinaan warga jemaat. Gelar yang diberikan adalah M.PdK.
4. Prodi Teologi Kons. Perkembangan Anak dan Remaja (PAR atau HCD)
   Konsentrasi PAR ini bertujuan menolong gereja dan lembaga pelayanan di luar gereja mencetak tenaga yang ahli dan terampil khusus menangani masalah anak secara menyeluruh (Holistic Child Development). Gelar yang diberikan MA.Kons. Anak. 
5. Program Pascasarjana Prodi Teologi memiliki izin Penyelenggaraan Prodi dari Bimas Kristen Kementerian Agama R.I. No. DJ.III/Kep/HK.00.5/271/2011. Akreditasi BAN PT untuk Magister Teologi Prodi Teologi No. 2842/SK/BAN-PT/Akred/M/V/2021 dengan predikat Baik Sekali. Mulai berlaku 11 Mei 2021 sampai dengan 11 Mei 2026.